Перемещение плагина js в нижний колонтитул

Таким образом, js из плагина находится в заголовке на основе приведенной ниже настройки:

wp_register_script('plugin_min', plugin_url . 'scripts/scripts.min.js' ); 

Теперь я могу изменить его так, чтобы он находился в нижнем колонтитуле, отредактировав файл плагина:

 wp_register_script('plugin_min', plugin_url . 'scripts/scripts.min.js', array(), false, true ); 

Конечно, редактирование файла плагина не является хорошей идеей, так как оно будет перезаписано при обновлении.

Итак, чтобы сделать это правильно, я должен сначала отменить регистрацию, а затем перерегистрироваться в функции.php?

Ваша мысль верна.

Редактируя файл плагина, вы теряете обновляемость. Поэтому отменить регистрацию и перерегистрацию в функции functions.php было бы правильным способом сделать это.